لقد شرحنا في مقالةٍ سابقة كيف أن الحزم والمستودعات قد حلّت لنا مشاكل كثيرة على لينكس، وكيف أن المستخدمين صار بإمكانهم الحصول على الكثير من البرمجيات بسرعة غير معهودة من قبل وبسهولة أيضًا.

لكن هناك بعض المشاكل أيضًا عندما يتعلق الأمر ببناء المستودعات وتحزيم الحزم:

• هناك الكثير من توزيعات لينكس المختلفة والتي تستعمل أنظمة تحزيم مختلفة مثل دبيان وفيدورا وأوبن سوزا وأرتش، فهل مطور التطبيقات سيأتي ويحزّم برنامجه لجميعها؟ هذا صعب.
• حتى توزيعات لينكس المبنية على بعضها البعض مثل أوبونتو على دبيان ولينكس منت على أوبونتو، قد يواجه المستخدم العادي فيها مشاكل فيما يتعلق بالاعتماديات، وهذا بسبب اختلاف المستودعات المُضافة إليها واختلاف طبيعة هذه التوزيعات. أي أنه لا يكفي حتى عمل مستودع دبياني واحد بصيغة .deb بل على المطور عمل مستودعات متعددة لنفس التوزيعة.
• كما أن الإصدارات الجديدة تتطلب مستودعات جديدة وتحزيم الاعتماديات مرة أخرى؛ مثل أوبونتو 20.04 و20.10 و21.04... إلخ، هذه كلها توزيعة مختلفة بحاجة لمستودعات مختلفة